流量计使用中常见的故障有的是仪表本身的元件损坏，有的是选用不当、安装不当、环境条件、流体特性等因素造成的，如显示波动、精度下降、甚至仪器损坏。一般可分为两种：安装调试失败和正常运行失败。在调试期间，预期的故障一般出现在仪表安装调试阶段。一旦被淘汰，以后一般不会在同样的条件下再次出现。调试中的常见故障一般是由于安装不当、环境干扰和流体特性造成的。
1、安装方面，通常是流量计传感器安装位置不正确造成的故障，如将传感器安装在管道系统的最高点容易积气；或自上而下安装在垂直管道上，可能会出现排空现象；或者传感器后面没有背压，流体直接排入大气，在测量管内形成不满管。
2、在环境方面，通常主要是管道杂散电流干扰、空间强电磁波干扰、大电机磁场干扰等。一般对管道杂散电流干扰采取良好的单独接地保护可以取得满意的效果。但在杂散电流较大的情况下（如电解车间的管道，有时两个电极上感应出的交流电势峰值VPP可高达1V），流量传感器与管道之间需采取额外措施和绝缘需要采取。空间电磁波干扰一般通过信号电缆引入，通常采用单层或多层屏蔽保护。
3、流体方面，被测液体中含有均匀分布的微气泡，通常不影响电磁流量计的正常工作，但随着气泡的增多，仪表的输出信号会出现波动。如果气泡大到足以覆盖整个电极表面，随着气泡流过电极，电极电路会瞬间打开，输出信号会波动更大。
低频方波激励的流量计在测量含固量超标的浆料时，也会产生浆料噪声，使输出信号出现波动。在测量混合介质时，如果在混合不均匀之前进入流量传感器进行测量，输出信号也会出现波动。电极材料和被测介质选择不当也会因化学作用或极化而影响正常测量。电极材料应根据仪器选型或相关手册正确选择和匹配。
